2015年12月國務院辦公廳頒布《關于優(yōu)化學術環(huán)境的指導意見》指出，要著力構建符合學術發(fā)展規(guī)律的科研管理、宏觀政策、學術民主、學術誠信和人才成長環(huán)境。進一步完善管理制度，特別是建立健全科研經(jīng)費管理體系，激活科研經(jīng)費的分配激勵功能，才能確保學術研究活力，真正釋放創(chuàng)新潛能。

　　科研經(jīng)費預算體系。發(fā)達國家科研經(jīng)費管理，非常重視科研經(jīng)費申請的預算管理。比如美國的績效預算編制包括績、效、預算三要素。預算要與業(yè)績掛鉤，各部門在編制預算、提出支出要求時，必須制定5年戰(zhàn)略目標和年度目標，制定出一套能反映部門業(yè)績的績效指標，并定期提供長期戰(zhàn)略規(guī)劃、年度績效規(guī)劃以及年度績效成果報告等三種報告。我國高?？蒲性核鶎蒲许椖康慕?jīng)費預算不夠重視，在編制預算時存在許多問題，如預算不能真實反映項目成本、預算編制粗放、虛列經(jīng)費支出項目等，成為科研經(jīng)費支出不合理甚至違規(guī)使用的直接誘因。從主觀上講，是項目申報人員的態(tài)度不夠端正或對經(jīng)費支出的判斷不夠精準；從客觀上講，是國家對經(jīng)費預算比例的限定不夠科學合理。我國對不同學科或同一學科不同研究課題，國家限定的經(jīng)費預算比例是一樣的，而不同課題的不同經(jīng)費支出比例可能相差巨大，這會導致本來合理的預算支出可能與現(xiàn)行的國家科研經(jīng)費管理政策相矛盾，并產(chǎn)生“該花錢的地方不能報賬，能報賬的項目可以多開票報銷”或“有錢花不出”的現(xiàn)象。

　　科研經(jīng)費科目體系。美英日發(fā)達國家均允許在經(jīng)費預算中列支研究人員經(jīng)費支出。這些國家一方面規(guī)定較高的人員費用比例，如英國的人員費用一般占項目經(jīng)費支出的52%，美國科研機構的研發(fā)活動一般實行項目制的管理模式，項目負責人在制定科研項目申請及預算之初就已將人員費用、差旅費以及學術交流活動產(chǎn)生的費用等囊括在科研項目經(jīng)費預算中，其中人員經(jīng)費占總經(jīng)費的33%。另一方面通過推行崗位薪酬制，保證科研人員在該國的平均收入水平處于比較靠前的位置。同時，這些發(fā)達國家還要求項目主持人在科研經(jīng)費預算中對人員費用進行詳細說明，并接受期中檢查和事后審計，以杜絕從項目經(jīng)費中重復列支人員經(jīng)費的現(xiàn)象。美國研究型大學秉承學術治理的原則，從鼓勵學術研究、規(guī)約學術治理的角度出發(fā)，結合大學科研活動的基本規(guī)律，逐漸構建起以學術為先導、恪守法律規(guī)約、講求科研誠信等內容為特征的科研管理理念。我國的政府科研經(jīng)費過于注重硬件設備投入，而忽視人力資源投入。當前高校科研人員大多只有工資性收入，知識和智力價值沒有得到充分的經(jīng)濟認可，工資待遇不能反映其真實價值和貢獻。而盡職的高?？蒲腥藛T為了更快、更好地出成果，加班加點是家常便飯，甚至將整個假期都貢獻給科研工作。因此，現(xiàn)行科研經(jīng)費管理模式下，科研人員的智力和時間投入很難得到補償。甚至會導致承擔項目越多，經(jīng)濟上越吃虧的現(xiàn)象，不僅挫傷了科研人員的積極性，也是導致經(jīng)費報銷造假的深層次原因。

　　科研經(jīng)費控制體系。國外科研經(jīng)費的內部監(jiān)管措施一般包括主任責任制、定期報告制、同行評議制、合同審查制等，美國對科技經(jīng)費采取的監(jiān)督方式包括聽證制度、報告制度、備案制度、審計、調查、績效影響評估等；監(jiān)管范圍覆蓋前端的預算分配、中期的使用管理，以及后期的審計評估等。當前我國高?？蒲薪?jīng)費是一種綜合管理體制，這種體制下，由于科研主管部門主要負責項目申報與進度管理，財務部門負責經(jīng)費管理，導致部分高校的科研主管部門只注重多爭取項目和管理項目進程，而對經(jīng)費的使用情況和使用效果較少關注。同時，財務部門由于管理制度、人手不足等各種原因，加上部分高校科研部門和課題組客觀上存在“只要用在項目上不管什么費用都應該報銷”的思想，導致高校對經(jīng)費使用控制不嚴，在一些高校的科研項目經(jīng)費中，有相當比例是招待費、日用品支出、辦公用品、禮品支出，甚至利用虛假發(fā)票套取科研經(jīng)費等現(xiàn)象。

　　科研經(jīng)費監(jiān)督體系。加強科研經(jīng)費使用的信息披露。德國科研機構的財務部門要定期編制通行的財務報表、披露相關會計信息，以便于接受社會各界的監(jiān)督與評價。我國現(xiàn)行的科研經(jīng)費管理模式缺乏對科研經(jīng)費執(zhí)行的有效監(jiān)控，缺乏項目執(zhí)行的信息反饋，多為事后控制懲處，不能及時發(fā)現(xiàn)風險，既成事實往往已經(jīng)造成相當大且無法追回的損失，這既包括資金的損失，也包括人才的損失，效力較差。當前，我國對高?？蒲薪?jīng)費的監(jiān)督力度還不夠，基本沒有形成有效的多級監(jiān)督機制。課題負責人和掛靠單位都是利益相關方，學校雖有審計、監(jiān)察部門等專職監(jiān)督機構，但往往因維護學校利益對科研經(jīng)費使用起不到應有的監(jiān)督作用，而代表國家的政府經(jīng)費管理機構因管理事務繁多也難以實施監(jiān)管。

　　科研經(jīng)費管理程序。包括以下環(huán)節(jié)：項目招標：科研項目面向全國科研機構公開招標；提交計劃：由項目負責人向主管部門提交實施步驟和各項預算的詳細計劃；簽訂合同：項目經(jīng)主管部門審查批準后，簽署具有法律效應的執(zhí)行合同；撥付經(jīng)費：科研經(jīng)費一般分2—3次撥放到項目負責人單位，由負責人單位的財務統(tǒng)一管理；執(zhí)行合同：項目負責人簽字支出經(jīng)費，并定期向主管部門提交項目進展和經(jīng)費使用情況報告；評估審計：項目結題后，要對項目完成情況進行評估，對經(jīng)費支出進行審計。評估和審計結果對項目負責人的后續(xù)項目有影響。為確保預算的執(zhí)行和提高經(jīng)費的使用效率，防止經(jīng)費的違規(guī)使用，要有相應的監(jiān)督評估制度?？蒲腥藛T對經(jīng)費使用應該擁有一定的自主權，科研經(jīng)費管理應符合科研規(guī)律，不能以限制為目的。

　　科研經(jīng)費改革的法律保障。首先，承認科研人員的勞動并給予符合市場價值規(guī)律的貨幣補償，政府應真正做到尊重社會主義市場經(jīng)濟的分配原則和價值準則。構建智力資源資本化機制，重新評估科研人員和創(chuàng)新人才的價值，形成讓科研人員特別科學家和工程技術人員先富起來的社會機制，讓知識更好地轉化為財富。改革科研管理體制的第一步，應允許科研人員獲得合理的勞務補償，這是貫徹“創(chuàng)新發(fā)展”當務之急。其次，厘清科研經(jīng)費使用制度方面法律關系不清晰的問題。把全部橫向課題納入民法上的承攬合同范疇，用發(fā)包人和承包人之間的法律關系規(guī)則規(guī)范當事人之間的權利義務。課題來源、成果的完成、費用支付完全采取市場方式，政府只能建立規(guī)則予以引導，而不能把將其納入國家項目范疇予以強制管理。再次，及時修改相關規(guī)則，改變不論是橫向課題還是縱向課題項目經(jīng)費均不許科研人員取得報酬規(guī)定的現(xiàn)狀，允許科研人員取得自己的勞動報酬。最后，建立科研人員薪酬的國際比較與行業(yè)比較機制，根據(jù)實際貢獻適度提高他們制度性的收入保障。